高雄靈糧堂原為高雄禮拜堂,成立於1989年9月3日,教會初期座落在高雄市左營區民泰街68號。1990年1月正式加入中國基督教靈糧世界佈道會並更名為高雄靈糧堂,隸屬台北靈糧堂的分堂。1994年1月16日教會搬遷至高雄市左營區富國路185號4樓,此為自購之聚會場所。1999年12月因聚會人數增長,原場地不敷使用,教會租下高雄市左營區保靖街40號土地,並在其上自建教堂,成為當時主要之聚會地點,一樓並附設撒母耳托兒所。 2009年教會購買高雄市左營區大中二路與文川路教會約870坪之土地,並於2011年動工興建地上10層地下2層的新會堂,2015年9月新堂正式啟用迄今。